Ни кто не запрещает Вам поступить на военную службу по контракту, имея категорию годности В, если должность на которую Вы претендуете позволяет прохождение военной службы с данной категорией. Одним словом все зависит от рода, вида войск и воинской должности.
для более подробного ответа обратитесь лучше в военный комиссариат по месту своего жительства.